Odvođenje fekalnih i oborinskih voda je također vrlo značajna djelatnost sa stanovišta održavanja higijenskih uvjeta i zdravlja građana. Samo gradsko područje je pokriveno sa kanalizacijskom mrežom, dok pojedina prigradska i periferna naselja još uvijek nisu riješila ovaj problem.

Nedostatak postojeće kanalizacijske mreže je što je pomiješana oborinska i fekalna kanalizacija što stvara probleme kod obilnih padavina te poskupljuje proces prečišćavanja otpadnih voda u kanalizacijskoj i filtar stanici.

Kompletna kanalizacija sa područja samog grada se prije ispuštanja u rijeku Bosnu tretira u suvremenom filtar postrojenju. Dio otpadnih voda iz rubnih dijelova grada i prigradskih naselja nema mogućnost priključka na filtar stanicu, te se vode ispuštaju preko taložnika ili izravno u vodotoke.